Me ha ocurrido algo extraño, me ocurrió al restaurar una copia de seguridad tras hacer jailbreak en el iPad 2.
Volver a hacer jailbreak, sobre el que ya tengo, no lo recomiendan.
Tampoco encuentro la ruta var/root/Media/Cydia/AutoInstall con i-Funbox o similiar.
Estoy buscando una solución, en cuanto la encuentre lo comento aquí.